Процедура обычно не сопровождается выраженным болевым синдромом. При использовании местного анестетика подавляется глотательный рефлекс, однако может сохраняться ощущение давления и дискомфорта. При проведении ФГДС под седацией пациент, как правило, не ощущает процесс исследования.